复旦大学“非线性数学模型与方法”教育部重点实验室成立于1994年11月。实验室的建设宗旨是依托复旦大学数学科学学院，以基础理论研究为主导，坚持理论与应用相结合的方针，建立一个在紧跟当前核心数学发展前沿的同时、又能为国民经济建设和相邻学科的发展做出贡献的开放性实验室。15年来，实验室作为一个学术交流、人才培养和科学研究的平台，为复旦数学学科的发展做出了重要贡献。在2009年10月经教育部专家评估后，实验室进入第四个五年建设期（2010-2014），在新的建设期间，为了使实验室能够持续快速发展，将坚持以人为本、以学术为中心的建设理念，紧跟当今核心数学发展的前沿，以重大理论问题的突破为主要奋斗目标；同时对涉及交叉学科和主战场中重大任务的应用基础性课题，开展有较高理论价值并对实际问题有普遍指导意义的研究工作，努力为国民经济建设和相邻学科的发展作贡献。把实验室建设成一个面向世界的国际性的、开放性的科学研究、人才培养和学术交流中心。
- 运行办法草案
（1）加强学术委员会的指导工作，在本届建设期内，拟召开两次学术委员会会议，第一次在2010年下半年召开，实验室向学术委员会汇报建设规划、思路和建设目标。第二次拟在2014年下半年召开，实验室向学术委员会汇报本届建设情况。
（2）每年年末举行一次实验室成员参加的年终总结座谈会，实验室正副主任向成员汇报实验室在本年度的建设情况，听取成员的意见和建议，改进实验室的工作。
（3）积极开展学术交流和合作，和学院联合，每年举办若干场次学术报告会和国际学术会议。
- 学术资助
为了激发实验室成员的科研积极性和创造性、以及着力提升实验室的学术水平，根据复旦大学科技资助和奖励相关条例，特制定如下科研资助和奖励办法。
（1） 学术会议资助
实验室成员牵头举办的学术会议，在经费短缺的情况下，可向实验室申请，每项资助不超过2万元。
（2） 学术交流资助
实验室成员参加学术会议，或邀请专家访问，在经费短缺的情况下，可向实验室申请，每项资助不超过1万元。
（3）复旦大学每年为实验室提供6个全额资助访问学者的名额（每个名额5万元），一般情况下每个研究方向每年内限报一名，特殊情况需学术委员会讨论决定。
学术资助每年年初向实验室提出，经实验室学术委员会讨论商定，在特殊情况下，由在复旦大学工作的学术委员会委员和实验室正副主任负责审核。凡经实验室资助的学术会议、以及访问学者在资助下发表的学术成果，必须标注实验室资助字样（Laboratory of Mathematics for Nonlinear Science， Fudan University， 缩写为LMNS）。获得资助的学术会议广告、以及学术论文交实验室秘书存档。
- 学术成果奖励
（1）成果奖励
主要奖励获国家和省（市）、部（委）级科技奖的成果完成人，根据复旦大学的奖励标准，实验室将作适当的经费奖励。标准为：
| 奖项 | 经费标准（万元） |
| 国家自然科学二等奖、国家技术发明一等奖或国家科学技术进步一等奖项目 | 5 |
| 教育部、上海市自然科学、科技进步、或技术发明一等奖 | 2 |
| 教育部、上海市自然科学、科技进步、或技术发明二等奖 | 1 |
复旦大学作为第二获奖单位的项目只享受相应奖励等级的经费额度的30％；作为第三或第三以下获奖单位的项目，只享受上述相应奖励等级经费额度的10％。
（2）论文、专著奖励
奖励范围：奖励标注有实验室资助字样的论文、专著（Laboratory of Mathematics for Nonlinear Science， Fudan University， 缩写为LMNS）；没有标注实验室资助的论著不予奖励。
学术论文按学院2003年制定的期刊分区奖励，主要奖励1、2区。同时考虑交叉学科的发展，对不在数学分区的期刊，按照复旦大学相应学科期刊分区奖励。成员需将标注有实验室资助字样的论文、专著提交于实验室秘书存档。根据实验室经费使用情况，奖励按年度进行。对多个作者的论文、专著，奖励额度按1/N计算。奖励标准：
| 论文 | 一区 | 二区 | 学术专著（国际著名出版社出版） |
| 奖励额度（万元） | 1 | 0.5 | 2 |
该运行方案经2010学院科研工作会议以及广泛听取实验室成员的建议形成的，在实施过程中，根据经费使用情况，将可能适时调整资助、奖励额度和范围。该运行方案于2010年9月1日起正式实施。